Przyczynia się do tego z pewnością większa – w porównaniu z innymi instrumentami finansowania, np. kredytu – swoboda i elastyczność w kreowaniu zasad, w tym warunków i terminu, spłaty długu oraz kształtowania zabezpieczeń. Z punktu widzenia podmiotów zaciągających dług niewątpliwą zaletą jest możliwość organizowania całych programów emisji obligacji uwzględniających długoterminowe zapotrzebowanie emitenta na środki finansowe i dostosowanie finansowania do jego potrzeb inwestycyjnych. Dla podmiotów zobligowanych do stosowania procedury zamówień publicznych nie bez znaczenia jest również fakt, że zaciąganie zobowiązań z tytułu emisji obligacji objęte jest wyłączeniem przedmiotowym z generalnego obowiązku stosowania sformalizowanej procedury zamówień publicznych.
Zgodnie z postanowieniami ustawy o obligacjach z 29 czer- wca 1995 r. za zobowiązania wynikające z obligacji emitent odpowiada całym swoim majątkiem. Brak możliwości informacji, w jakiej sytuacji finansowej będzie się znajdować emitent w momencie wykupu obligacji, może stwarzać dla potencjalnych nabywców obligacji nadmierne ryzyko. Aby zabezpieczyć obligatariuszy przed tym ryzykiem i zwiększyć atrakcyjność emitowanych papierów emitent może zadecydować o ustanowieniu zabezpieczeń obligacji. Do najczęściej spotykanych zabezpieczeń zobowiązań z tytułu obligacji należą hipoteka i zastaw rejestrowy. Podkreślenia wymaga, że przepisy wspomnianej ustawy wprowadzają obowiązek zamieszczenia informacji o zakresie i formie zabezpieczenia na dokumencie obligacji. W przypadku obligacji zdematerializowanych, informacja ta musi się znaleźć w warunkach emisji.
W praktyce przepisy ustawy o obligacjach dotyczące ustanawiania zabezpieczeń mogą stwarzać wiele problemów z ich implementacją. Istotne znaczenie ma tu wynikający z ustawy zakaz wydawania obligacji przed ustanowieniem przewidzianych uprzednio zabezpieczeń. W przypadku obligacji nieposiadających formy dokumentu, zabezpieczenia muszą być ustanowione przed dokonaniem odpowiedniego zapisu na rachunku papierów wartościowych. Przepis ten – mający na celu ochronę interesów obligatariuszy – w praktyce rodzi jednak wiele komplikacji. Jeżeli bowiem obligacje mają zostać wyemitowane jako zabezpieczone hipoteką lub zastawem rejestrowym, emitent – w ramach czynności poprzedzających emisję – musi zawrzeć stosowną umowę z administratorem zabezpieczeń, będącym przedstawicielem ustawowym przyszłych obligatariuszy i na jego rzecz ustanowić hipotekę lub zastaw rejestrowy. Z kwestią tą ściśle wiąże się ustalenie momentu, w którym następuje ustanowienie zabezpieczenia. Zgodnie z przepisami ustawy, do ustanowienia hipoteki stanowiącej zabezpieczenie roszczeń obligatariuszy wystarcza oświadczenie woli właściciela nieruchomości. Przepis ten przez niektórych interpretowany jest, jak się wydaje błędnie, jako wyjątek od zasady konstytutywności wpisu do księgi wieczystej, tj. zasady, że do ustanowienia hipoteki wymagany jest wpis do księgi wieczystej. Należy stanąć na stanowisku, że przepis ten wprowadza odmienne niż w przypadku „zwykłej" hipoteki uregulowanie dotyczące jedynie czynności prawnej będącej źródłem hipoteki. W przypadku zabezpieczania „zwykłych" wierzytelności, źródłem powstania hipoteki jest umowa pomiędzy wierzycielem a właścicielem nieruchomości. Gdy chodzi o obligacje, źródłem tym jest wspomniane wyżej jednostronne oświadczenie woli właściciela nieruchomości, złożone w formie aktu notarialnego. Brak jest jednak wystarczających podstaw do uznania, że szczególne uregulowanie ustawy o obligacjach, wskazujące oświadczenie właściciela nieruchomości jako źródło powstania hipoteki, uchyla ogólną zasadę uzależnienia powstania hipoteki od dokonania jej wpisu do księgi wieczystej prowadzonej dla danej nieruchomości. Należy zatem stwierdzić, że aby uczynić zadość wskazanemu wyżej zakazowi wydawania obligacji przed ustanowieniem zabezpieczeń, wydanie to (ewentualnie – zapis na rachunku papierów wartościowych) może nastąpić dopiero po ujawnieniu hipoteki w księdze wieczystej.
Przepisy prawa nie zawierają analogicznych zapisów dotyczących ustanawiania zastawu rejestrowego na zabezpieczenie roszczeń z tytułu obligacji, wprowadzając jedynie zasadę, że w przypadku dłużnych papierów wartościowych emitowanych w serii administrator zastawu może być ustanowiony na rzecz wszystkich wierzycieli bez imiennego ich wskazania. Rozwiązanie to jest konsekwencją wynikającego z ustawy obowiązku ustanowienia zabezpieczeń przed emisją, tj. w momencie, w którym jeszcze nie wiadomo, czy i kto stanie się wierzycielem wskutek objęcia obligacji. Ustanowienie zastawu rejestrowego wymaga zatem – podobnie jak w przypadku zastawów zabezpieczających inne wierzytelności – zawarcia umowy oraz wpisu do rejestru zastawów.
Konsekwencje naruszenia omawianego wyżej zakazu wydawania obligacji przed ustanowieniem zabezpieczeń są daleko idące – poza sankcjami karnymi (grzywna do 5 mln zł oraz kara pozbawienia wolności od sześciu miesięcy do lat pięciu) – skutkować mogą nieważnością emisji. W efekcie, wobec długotrwałych procedur rejestracyjnych, przygotowania do emisji, które zabezpieczone mają być hipoteką lub zastawem rejestrowym (podjęcie uchwał emisyjnych przez organy emitenta, zawarcie umowy o administrowanie zabezpieczeniami, złożenie wniosków do odpowiednich rejestrów) muszą się rozpocząć z dużym wyprzedzeniem przed planowaną datą pozyskania pieniędzy. Ogranicza to znacząco możliwości pozyskania finansowania w drodze emisji i stwarza konieczność ustanawiania zabezpieczeń „pomostowych" do czasu rejestracji hipoteki w księdze wieczystej czy zastawu rejestrowego w rejestrze zastawów.