Relikwie bywały też łupami wojennymi. To, że są cenne, dostrzegali również władcy niebędący chrześcijanami. Tak stało się choćby wtedy, gdy perski szach Chosroes (wyznawca tradycyjnej irańskiej religii) najechał w 614 r. Jerozolimę. Podczas plądrowania miasta za szczególnie cenną zdobycz uznał relikwie Krzyża św., które wywiózł do swojej stolicy. W 628 r. cesarz bizantyński Herakliusz zrewanżował się Persom, zajmując ich stolicę i odzyskując bezcenne relikwie. Była to część wieloletniego konfliktu ówczesnych supermocarstw – Persji i Bizancjum. Wojna osłabiła je wzajemnie do tego stopnia, że wkrótce potem arabscy wyznawcy nowej religii – islamu – podbili Persję i odebrali Bizantyńczykom dużą część Bliskiego Wschodu. W ich ręce wpadła też Jerozolima, razem z relikwiami Krzyża św.
W 1009 r. szalony szyicki kalif Al-Hakim nakazał zburzyć jerozolimską Bazylikę Grobu Świętego. Miejscowi chrześcijanie zdołali jednak wówczas ukryć relikwie Krzyża św. 90 lat później miasto zostało zdobyte przez Europejczyków podczas I wyprawy krzyżowej. Arnulf Malecorne, pierwszy łaciński patriarcha Jerozolimy, rozpoczął poszukiwania relikwii. Torturowany grecki mnich (pamiętajmy, że było to już po rozłamie między Rzymem a Konstantynopolem) wskazał miejsce ukrycia fragmentu Krzyża św. Znaleziono tam złoty relikwiarz zawierający kawałek drewna. Umieszczono go w odbudowanej Bazylice Grobu Świętego i towarzyszył on też krzyżowcom w bitwach z muzułmanami. W 1187 r. wojska Saladyna zdobyły go w trakcie bitwy pod Hattin. Angielski król Ryszard Lwie Serce, cesarz bizantyński Izaak II Angelos i gruzińska królowa Tamara próbowali go później odkupić od islamskiego władcy, ale do tych transakcji nie doszło. W 1219 r. sułtan Al-Kamil proponowal templariuszom, że odda im relikwię Krzyża, jeśli zwiną oblężenie miasta Damietta. Jednak to był tylko blef, gdyż relikwii wówczas nie posiadał. Zaginęła gdzieś w mrokach historii Bliskiego Wschodu, a ostatnim razem widziano ją w Damaszku. W Jerozolimie zostały jednak małe fragmenty Krzyża. Posiadają je greccy, ormiańscy i syriaccy mnisi prawosławni.
Jest też tradycja głosząca, że większość jerozolimskiej relikwii Krzyża św. już w VII w. trafiła do Konstantynopola, skąd jej część została wysłana w 988 r. do Kijowa. Zawiozła ją tam bizantyńska księżniczka Anna, która została żoną miejscowego władcy Włodzimierza Wielkiego.
W 1204 r. doszło do złupienia Konstantynopola przez uczestników IV krucjaty (których wcześniej wmieszano w bizantyński spór dynastyczny i pozbawiono zapłaty). Z relacji europejskich rycerzy biorących udział w szturmie miasta wynika, że zrabowali wówczas relikwię Krzyża św. „grubą jak noga". Stąd prawdopodobnie pochodzi większość małych fragmentów Krzyża, które stały się obiektami kultu w wielu miastach Europy. Ponadto mamy w europejskich kościołach dziesięć fragmentów Krzyża, o których autentyczności mają świadczyć dokumenty wystawione przez cesarzy bizantyńskich. Zbadano później pod mikroskopem cztery z nich: z rzymskiego kościoła Santa Croce, z katedry we Florencji, z katedry w Pizie i z hiszpańskiego Caravaca de la Cruz. Okazało się, że wszystkie z nich zostały zrobione z drzewa oliwnego. Mogą więc mieć wspólne źródło.
Oczywiście przez wieki krążyło też wiele fałszywych relikwii Krzyża. Już św. Jan Chryzostom w IV w. pisał, że „cała Ziemia jest ich pełna". W XVI w. religijny „reformator" Jan Kalwin pokpiwał sobie natomiast, że tych relikwii jest tyle, że można by zbudować z nich duży okręt. Pokusa do fałszowania relikwii była na pewno spora, wszak dawało się je zamienić na spore sumy pieniędzy. Fragmenty niektórych z nich zbadano metodą radiowęglową i potwierdzono, że powstały z drzew rosnących w średniowieczu. Przesadą jest jednak mówienie o dużej „inflacji" tychże relikwii. Charles Rohault de Fleury, wybitny francuski architekt i zarazem archeolog, wyliczył w 1870 r., że drewno z Krzyża mogło mieć 0,178 m sześc. objętości. Tymczasem wszystkie wówczas znane relikwie Krzyża św. miały łącznie 0,004 m sześć. Nawet pomijając fakt, że część relikwii jest fałszywa, z Krzyża znalezionego przez cesarzową Helenę zostało około 2 proc.