W grudniu 2007 r. inwestorzy indywidualni, którzy w wyniku fuzji Pekao i BPH zostali przeniesieni do biura maklerskiego Pekao, przez kilka dni nie mieli dostępu do swoich rachunków maklerskich. Nie mogli więc składać zleceń i sprzedawać posiadanych akcji. Po połączeniu banków usunięto historię rachunków tych osób, co znacznie utrudniło im rozpoznanie strat, jakie ponieśli w wyniku nieprawidłowego działania systemu informatycznego.
Wpadek było więcej. Osobom, które chciały wypłacić pieniądze, na ekranach bankomatów pojawiała się informacja: "saldo na rachunku wynosi 0 zł". Zdarzało się również, że kasjerzy w oddziałach nie mogli odnaleźć w systemie informatycznym rachunku klienta. Przestały działać wydane jeszcze przez BPH karty kredytowe i debetowe, mimo że klienci nie dostali nowych z Pekao. Jeśli ktoś otrzymał kartę, to nie mógł doczekać się na PIN, który zapewniał dostęp do pieniędzy zgromadzonych na rachunku.
Niechciał zmienia bank
Prezes Niechciał w wywiadzie udzielonym "Parkietowi" przyznał, że sam "padł ofiarą" fuzji. Wprawdzie otrzymał kartę do bankomatu na czas, ale razem z kodem PIN. W rezultacie listy, które powinny nadejść oddzielnie, leżały w jednej skrzynce pocztowej. Niechciał zapowiedział wówczas, że przymierza się do zmiany banku.
Kłopoty dotknęły również osoby inwestujące w jednostki funduszy zarządzanych przez Pioneer Pekao TFI. Zdarzały się przypadki, gdy klienci musieli trzykrotnie składać zlecenie sprzedaży jednostek uczestnictwa, bo pracownicy w przejętych przez Pekao oddziałach nie potrafili obsługiwać nowego programu komputerowego. Wreszcie okazało się, że w grudniu 2007 roku i w marcu 2008 roku Dom Maklerski Pekao niesłusznie naliczał swoim klientom opłaty za wszystkie wygasające opcje na indeks WIG20. Zgodnie z tabelą opłat, broker powinien to robić tylko w stosunku do zrealizowanych instrumentów pochodnych.