Urząd Ochrony Konkurencji i Konsumentów stwierdził nadużywanie przez PKP Cargo pozycji dominującej na krajowym rynku kolejowych przewozów towarowych. Zachowanie to miało polegać na przeciwdziałaniu ukształtowaniu się warunków niezbędnych do powstania lub rozwoju konkurencji. Chodzi zwłaszcza o wprowadzone z dniem 1 maja 2006 r. wewnętrzne przepisy na podstawie których firma mogła odmówić podpisania umów szczególnych (przewidujących upusty od taryfy spółki) z przedsiębiorcami uznanymi za jej konkurentów. UOKiK jednocześnie zauważył, że PKP Cargo z nagannej praktyki wycofał się w lipcu 2007 r. Mimo to nałożył na firmę ponad 14,2 mln zł kary.
W ocenie zarządu giełdowej spółki decyzja prezesa UOKiK jest bezpodstawna. W związku z tym przewoźnik zamierza odwołać się od niej do Sądu Okręgowego w Warszawie - Sądu Ochrony Konkurencji i Konsumentów.
Co ciekawe PKP Cargo już raz za podobną praktykę zostało ukarane przez UOKiK. W lipcu 2009 r. urząd nakazał firmie zapłacenie z tego powodu prawie 60,4 mln zł. PKP Cargo konsekwentnie jednak się odwoływało. W efekcie na mocy wyroku Sądu Najwyższego z października 2013 r., zostały uchylone wyroki sądów I oraz II instancji. To spowodowało, że w grudniu 2013 r. prezes UOKiK zwrócił PKP Cargo zapłaconą karę pieniężną, a w sierpniu 2014 r. na konto spółki wpłynęło prawie 12,6 mln zł, które stanowiły zwrot odsetek od zapłaconej wcześniej kary.
Prezes UOKiK ponownie przeprowadził postępowanie w sprawie praktyk w PKP Cargo w latach 2006-2007. Tym razem wydał decyzję nakładającą na spółkę niższa karę, o której mowa powyżej.
