Historia posiadłości rozpoczęła się na początku XVIII w. Wtedy to gubernatorem Medoc został Jean-François Pontet, który był wpływowym politykiem oraz koniuszym królewskim. Stał się również właścicielem kilku działek zlokalizowanych w Pauillac. Jego spadkobiercy sukcesywnie dokupowali przylegające do nich grunty, by finalnie stworzyć olbrzymią posiadłość ziemską, zwaną u zarania Canet de Pontet.
Renomę posiadłości zaczął budować Pierre-Bernard de Pontet (1764–1836). To za jego życia William Franck w swoim traktacie o winach z tego regionu umieścił Pontet Canet na piątym miejscu wśród win z Medoc. Z kolei 19 lat od śmierci Pierre'a-Bernarda pierwsze wino posiadłości zostało ujęte w klasyfikacji dla win z Médoc, stworzonej w 1855 roku. Wino zostało sklasyfikowane jako Cinquieme Grand Cru Classé (czyli na ostatnim szczeblu klasyfikacji). Gwiazda Château Pontet Canet miała jednak rozbłysnąć prawdziwym blaskiem dopiero w XX w.
W 1865 roku posiadłość przeszła w ręce Hermana Cruise, który zatrudnił młodego architekta polskiego pochodzenia Charlesa Skawińskiego. Ten zaprojektował nową winiarnię (chai) oraz piękne piwnice. Od tej pory są one jednymi z symboli całego chateau.
W 1975 roku posiadłość odkupił od rodziny Cruise magnat z Cognac (producent słynnych koniaków) Guy Tesseron. Z czasem przeszła ona w ręce jego syna Alfreda, który zapoczątkował złotą erę w jej dziejach. Na początku lat 90. zatrudnił w celu konsultacji słynnego winemakera Michella Rollanda, dzięki któremu od rocznika 1994 datuje się znaczny skok jakościowy win Pontet Canet. To właśnie wtedy zaczęto stosować rewolucyjne w tej posiadłości praktyki, takie jak „zielone zbiory", czyli ograniczanie ilości owoców na krzewach.
Duże zasługi dla poprawy jakości win z Pontet miał również Jean-Michel Comme, który do dziś jest głównym menedżerem winiarni Pontet. Od początku XXI w. Comme prowadzi w pełni ekologiczną i biodynamiczną uprawę winorośli. Fakt ten znajduje odzwierciedlenie w praktykach stosowanych w winnicach, gdzie maszyny zastąpiono końmi, by zgodnie z zasadami biodynamiki nie zakłócać delikatnego ekosystemu winnic.
