Prezesem PKP Cargo był od stycznia 2008 roku. W latach 2005 – 2007 był przewodniczącym Rady Nadzorczej PKP S.A. W 2006 mediował w trakcie sporu zbiorowego na tle postulatów płacowych w PKP Cargo.
Od kwietnia 2012 roku jest szefem Rady Nadzorczej Polskich Linii Lotniczych LOT.
Balczun objął fotel szefa PKP Cargo w 2008 roku z zadaniem restrukturyzacji firmy. W 2008 roku strata spółki wyniosła 178,8 mln zł. Rok później stara spółki wyniosła już prawie 500 mln zł. Były to koszty związane restrukturyzacją – Program Dobrowolnych odejść tylko w 2009 roku kosztował ok. 200 mln zł.
W 20120 roku spółka już zbilansowała swoją działalność. Zysk netto za 2012 rok wyniósł już ok. 213 mln zł. Liczony według Międzynarodowych Standardów Rachunkowości, na który spółka przeszła w związku z przygotowywaniem do debiutu giełdowego, wynosi już ok. 340 mln zł netto.
W 2008 roku PKP Cargo zatrudniało ok. 44 tys. Osób, obecnie zatrudnienie w spółce wynosi ok. 24,5 tys. osób.
Restrukturyzacja objęło również zmniejszenie liczby zakładów z 42 do 10, liczba zaplecz utrzymania taboru spadła ze 108 do 52, liczba stacji rozrządowych z 10 do 3, posiadanych lokomotyw z 3 tys. do 2,7 tys. sztuk, liczbę wagonów z ponad 80 tys. do 68 tys. sztuk.
W 2010 roku nakłady inwestycyjne wyniosły 325,2 mln zł, w 2011 – już 438,3 mln zł (to wzrost prawie o 35 proc.). Największa część z tych środków przeznaczona została na zakupy i modernizację taboru. Oprócz tego blisko 39 mln zł przeznaczone zostało na inwestycje kapitałowe, ponad 35 mln zł na inwestycje związane z nieruchomościami i 43,5 mln zł na pozostałe cele inwestycyjne, ze szczególnym uwzględnieniem wydatków na sferę IT. Po 10 miesiącach 2012 roku na inwestycje wyniosły 423,6 mln zł. Prawie 330 mln zł zostało przeznaczone na modernizację taboru trakcyjnego.
Oprócz zarządzania PKP Cargo, Wojciech Balczun gra na gitarze w zespole Chemia, którego jest jednym ze współzałożycieli.
