Prezesem PKP Cargo był od stycznia 2008 roku. W latach 2005 – 2007 był przewodniczącym Rady Nadzorczej PKP S.A. W 2006 mediował w trakcie sporu zbiorowego na tle postulatów płacowych w PKP Cargo.
Od kwietnia 2012 roku jest szefem Rady Nadzorczej Polskich Linii Lotniczych LOT.
Balczun objął fotel szefa PKP Cargo w 2008 roku z zadaniem restrukturyzacji firmy. W 2008 roku strata spółki wyniosła 178,8 mln zł. Rok później stara spółki wyniosła już prawie 500 mln zł. Były to koszty związane restrukturyzacją – Program Dobrowolnych odejść tylko w 2009 roku kosztował ok. 200 mln zł.
W 20120 roku spółka już zbilansowała swoją działalność. Zysk netto za 2012 rok wyniósł już ok. 213 mln zł. Liczony według Międzynarodowych Standardów Rachunkowości, na który spółka przeszła w związku z przygotowywaniem do debiutu giełdowego, wynosi już ok. 340 mln zł netto.
W 2008 roku PKP Cargo zatrudniało ok. 44 tys. Osób, obecnie zatrudnienie w spółce wynosi ok. 24,5 tys. osób.