Znalazł się on w gronie 46 prokuratorów federalnych nominowanych przez administrację Obamy, których w piątek wezwał do złożenia dymisji prokurator generalny Jeff Sessions. (Tego typu zmiany kadrowe zdarzają się po tym, jak do władzy dochodzi nowa ekipa. W 1993 r. administracja Clintona jednego dnia pozbyła się w ten sposób ponad 90 prokuratorów.) Bharara nie chciał się jednak sam podać do dymisji. W listopadzie prezydent elekt Donald Trump spotkał się z nim i namawiał go do pozostania na stanowisku. W weekend Trump dzwonił do Bharary, ale prokurator unikał z nim kontaktu. Niektórzy spekulują, że odwołanie Bharary miało związek z wnioskiem o śledztwo w sprawie zagranicznej działalności biznesowej Trumpa (pod kątem konfliktów interesów) złożonym do nowojorskiej prokuratury przez kilka organizacji pozarządowych. Są też podejrzenia, że Bharara celowo poszedł na konfrontację z Trumpem i Sessionsem, by rozpocząć karierę polityczną w Partii Demokratycznej. Wcześniej był on m.in. doradcą prawnym demokratycznego senatora Chucka Schumera.
Bharara prowadził lub nadzorował śledztwa w sprawie najgłośniejszych spraw dotyczących Wall Street, m.in. w sprawie piramidy finansowej Bernarda Madoffa. Za jego kierownictwa prokuratura okręgu południowego Nowego Jorku oskarżyła blisko 100 menedżerów z Wall Street o insider trading i podobne przestępstwa rynkowe, a także nałożyła wielomiliardowe grzywny na cztery największe banki w USA. Bharara nadzorował też śledztwo w sprawie korupcyjnych praktyk Fundacji Clintonów. HK
