NIK negatywnie oceniła działalność Ministerstwa Zdrowia. Zarzuty dotyczą wydania bez podstawy prawnej 300 milionów złotych na dofinansowanie szpitali. Zastrzeżenia Izby wzbudził też podział pieniędzy. Różne zasady miały być stosowane w stosunku do szpitali podległych ministerstwu i placówek samorządowych. W przypadku tych ostatnich dotacje miały otrzymać tylko te, które mają przynajmniej 400 łóżek.
Najwyższa Izba Kontroli w raporcie stwierdziła, że nowym zjawiskiem, które nie występowało w poprzednich latach, było niewykonanie dochodów, które były niższe od oczekiwanych. Z opracowania Izby wynika, że dochody zostały nierealistycznie, bo zbyt optymistycznie zaplanowane. Przeszacowano przede wszystkim możliwość pozyskania środków unijnych - zabrakło 20 miliardów złotych. Mniejsze były też wpływy z VAT-u i akcyzy - zabrakło 11 miliardów. Raport NIK wskazuje, że kłopoty budżetowe kraju w większej mierze mogą wynikać z przeszacowania niż z kryzysu gospodarczego.
Najwyższa Izba Kontroli wskazała również na rosnące problemy ze ściągalnością podatków, w czym największy udział miały podatki pośrednie i PIT. Nieskuteczne w ściąganiu należności były zwłaszcza izby celne, co w niektórych przypadkach mogło być zdaniem NIK-u spowodowane korupcją.
