Brak analizy wycenianego aktywa niematerialnego od strony cen transferowych oraz aspektów prawnych z nim związanych rodzi ryzyko błędnego podejścia do wyceny. Na wartość aktywa niematerialnego może mieć wpływ jego historia w ramach grupy kapitałowej, rozdzielność właściciela prawnego i ekonomicznego czy względny wpływ aktywa na generowane przez właściciela korzyści ekonomiczne. Bez uwzględnienia tych aspektów właściciel może zderzyć się z poważnym problemem w momencie kontroli organów podatkowych lub audytora – tym większym, im bardziej odległa w czasie od daty wyceny będzie kontrola.
Jednym z czynników, które mogą skomplikować wycenę aktywa niematerialnego, jest jego historyczne miejsce w grupie kapitałowej oraz aktualny „podział" własności. Sytuacje, w których aktywo niematerialne zmieniło właściciela w ramach grupy kapitałowej lub zostało nabyte i występuje łącznie z aktywami istniejącymi w grupie wcześniej (przykładowo: znaki towarowe składające się z dwóch członów), wymagają często szerszej analizy. Problematyczne może tu być uwzględnienie podziału tzw. własności prawnej i ekonomicznej, a następnie wyliczenie odpowiedniej dla wyceny stawki należności licencyjnej.
Kolejnym źródłem komplikacji mogą być zasady wynikające z działania 8 BEPS zakładające, że właściciel wartości niematerialnej, który nie ponosi wszystkich kosztów i ryzyk związanych z np. rozwojem, ochroną czy utrzymaniem aktywa, niekoniecznie musi być uprawniony do pełnego wynagrodzenia za aktywo niematerialne – takiego, jakie wynika z analizy rynkowej porównywalnych aktywów. Potencjalne korekty mogą wynikać z analizy w zakresie rozwoju, ulepszania, utrzymywania, ochrony oraz korzystania (ang. DEMPE).
W przypadku niektórych metod wyceny kluczowym założeniem pozostaje kwestia wpływu aktywa na zdolność do generowania zysku przez właściciela. W uzasadnionych przypadkach można w takiej sytuacji rozważyć analizę jakościową wartości niematerialnej, która brałaby pod uwagę czynniki prawne, technologiczne czy rynkowe determinujące znaczenie aktywa niematerialnego dla właściciela.
Do tego wszystkiego dochodzi brak akceptacji na gruncie cen transferowych „reguły 25 proc." wykorzystywanej przynajmniej jako punkt odniesienia w wycenach (ang. Goldscheider rule).