Sędziowie Trybunału zajęli się skargą złożoną przez poprzedniego rzecznika praw obywatelskich Janusza Kochanowskiego. Dowodził on, że przy tworzeniu Komisji Nadzoru Finansowego w 2006 r. doszło do naruszenia prawa. Pracowników, którzy przyszli z likwidowanych Komisji Papierów Wartościowych i Giełd, Komisji Nadzoru Ubezpieczeń i Funduszy Emerytalnych pozostawiono bowiem poza korpusem służby cywilnej, oferując zwykłe umowy o prace. Zarówno KPWiG, jak i KNUiFE były organami administracji rządowej. Rzecznik wywodził, że także Urząd KNF, z uwagi na fakt, że przewodniczącego komisji powołuje premier, i to on nadzoruje jego prace, ma charakter organu administracji rządowej. Tym samym pracownicy niesłusznie zostali pozbawieni dodatkowych uprawnień wynikających z bycia członkiem korpusu służby cywilnej
Trybunał Konstytucyjny uznał jednak, że komisja „jest szczególnym organem administracji państwowej o dużym stopniu niezależności, usytuowanym poza strukturą administracji rządowej”. Sędziowie zauważyli także, że premier nie ma możliwości podjęcia decyzji o odwołaniu przewodniczącego KNF, poza „wyraźnie przewidzianymi w ustawie przypadkami niezwiązanymi z negatywną oceną działalności przewodniczącego”. Ustawa zakłada taką możliwość w przypadku prawomocnego skazania, utraty obywatelstwa, rezygnacji i długotrwałej choroby. Sędziowie Trybunału stwierdzili również, że szef rządu „nie ma też kompetencji kontrolnych wobec komisji”. TK uznał tym samym, że połączenie instytucji nadzoru rynku finansowego w 2006 r. zostało?przeprowadzone zgodnie z prawem.
Urząd KNF zatrudnia obecnie około 900 osób. 228 pracowało wcześniej w KPWiG i KNUiFE. 34 było w tych dwóch instytucjach urzędnikami mianowanymi.
Kadencja przewodniczącego Komisji Nadzoru Finansowego Stanisława Kluzy kończy się jesienią. Jego następca w dalszym ciągu nie jest znany.