Zagrożenie zarzutem manipulacji nie może być przez osoby działające na rynku kapitałowym lekceważone. To skutek braku precyzji w definiowaniu, co uważa się za manipulację, jak i faktu, że jest ona kwalifikowana jako przestępstwo. Prokuratura w przypadku zarzutu manipulacji częściej niż przy innych zarzutach wszczyna postępowanie karne.
Zasadniczo mamy dwa rodzaje manipulacji: transakcyjną – czyli gdy inwestor prowadzi transakcje w taki sposób, że wprowadza w błąd co do popytu lub podaży lub manipuluje ceną instrumentu, oraz informacyjną, kiedy dochodzi do rozpowszechnienia informacji wprowadzających inwestorów w błąd co do podaży lub popytu na dany instrument, lub jego ceny, lub utrzymujących cenę na nienaturalnym poziomie. Informacje te mogą dotyczyć zarówno emitenta, jak i samego instrumentu. Chodzi tutaj także o rozpowszechnianie plotek.
Pierwsze wątpliwości powstają na tle uzupełniania definicji manipulacji zawartej w rozporządzeniu MAR spisem zdarzeń, które mogą wskazywać na istnienie manipulacji. W literaturze prawniczej stwierdzono, że zdarzenia takie same przez się nie są manipulacją, mają jednak uczulić na prawdopodobieństwo manipulacji i skłonić do przyjrzenia się takim czynnościom w celu weryfikacji, czy spełnione są wymienione wyżej przesłanki uznania danego działania za manipulację.
Niewątpliwe oprócz wyliczeń „przypadków podejrzanych" w przepisach orzecznictwo z innych państw, piśmiennictwo i praktyka przynoszą znaczącą wiedzę co do kwalifikowania pewnych działań jako dopuszczalne, innych zaś jako zakazane. Jeżeli bowiem okazuje się, że na rozwiniętych rynkach pewne praktyki są powszechnie akceptowane, trudno byłoby takie działania kwalifikować jako przestępstwo w Polsce. Międzynarodowe rynki kapitałowe tworzą pewną całość. Przepisy MAR, jak i towarzyszącej mu dyrektywy MAD (Market Abuse Directive), odzwierciedlają praktykę rozwiniętych rynków europejskich. Interpretacja przepisów MAR I MAD w oderwaniu od praktyki, która legła u ich podstaw, może prowadzić do zakwalifikowania w Polsce jako manipulacji transakcji, które na rynku rozwiniętym nie byłyby w ogóle uznane za manipulację.
Trudności kwalifikacyjne niesie manipulacja poprzez składanie zleceń. Są przypadki oczywiste, kiedy manipulator dąży do zmiany ceny, aby później wykorzystać ten stan celem nieuczciwego zarobku. Podobnie gdy zlecenia zostają skasowane, stwarzając pozór popytu lub podaży. Istotnym elementem uznania za manipulację jest oszukańczy cel działań prowadzący do sztucznej zmiany ceny i co za tym idzie – możliwości realizacji nieuczciwego zysku przez manipulatora, kosztem innych inwestorów.