Obajtek jest prezesem zarządu i dyrektorem generalnym PKN Orlen od 6 lutego 2018 r. Wcześniej, od 2017 do lutego 2018 r.,, pełnił funkcję prezesa zarządu Grupy Energa. W latach 2016-2017 kierował Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa. Od lipca 2016 do lutego 2018 był członkiem rady nadzorczej spółki Lotos Biopaliwa. Od czerwca 2016 do lutego 2018 był przewodniczącym rady nadzorczej Dalmor.
Spółka wyjaśniła, że "Minister Aktywów Państwowych, działający jako podmiot uprawniony do wykonywania praw z akcji spółki należących do Skarbu Państwa, powołał Daniela Obajtka na członka zarządu nowej trzyletniej kadencji rozpoczynającej się z dniem odbycia Zwyczajnego Walnego Zgromadzenia zatwierdzającego sprawozdanie finansowe spółki za rok obrotowy 2022".
W ramach zaktualizowanej strategii Orlen 2030 koncern planuje kolejne inwestycje. Na realizację strategicznych projektów, do końca tej dekady, firma przeznaczy około 320 mld zł.