Przygotowanie organizacji do wdrożenia Krajowego Systemu e-Faktur najlepiej rozpocząć od uporządkowania fundamentów: procesów, danych, technologii oraz kompetencji zespołu. Trzeba przy tym pamiętać, że KSeF w obecnej formie nie jest jeszcze pełną cyfryzacją procesów finansowych. To narzędzie stworzone głównie z myślą o administracji skarbowej, które dostarcza Ministerstwu Finansów danych potrzebnych do rozliczeń podatkowych. Z perspektywy firmy faktura w KSeF może być kompletna „dla urzędu”, ale niekoniecznie zawierać wszystkie informacje biznesowe, które dotąd przekazywano w ramach EDI lub innych kanałów. Może brakować chociażby numerów zamówień, szczegółów dostaw czy identyfikatorów projektów – danych kluczowych do płynnej realizacji procesów operacyjnych.