Od 2006 r. Polska zobowiązana była do zmiany prawa, tak, aby obowiązek podatkowy powstawał dopiero w momencie, kiedy spółka obrotu energią dostarczy ją do klienta końcowego. Dopiero w tym roku przepisy niezgodne z wytycznymi Unii Europejskiej uległy zmianie.
Ministerstwo Finansów długo kwestionowało konieczność zwrotów. Na zmianę stanowiska wpłynął wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z lipca 2009 r. Sędziowie przyznali wówczas rację zespołowi elektrowni Konin, Pątnów i Adamów, który starał się o 15,4 mln zł nienależnie zapłaconej akcyzy za jeden tylko miesiąc – listopad 2006 r.
Tylko w lutym 2009 r., kiedy zmieniły się przepisy, elektrownie złożyły 550 wniosków o zwrot akcyzy za energię elektryczną, domagając się około 6,5 mld złotych.
Dlaczego więc resort szacuje koszty operacji na niecały 1 mld zł?
Zwrot nadpłaty obejmować ma bowiem tylko podatek zapłacony od energii, która potem nie trafiła do odbiorcy końcowego. Z szacunków MF, bazujących na obliczeniach Urzędu Regulacji Energetyki wynika, że straty przemysłowe sięgają od 9,73 proc. (w roku 2006) do 8,20 proc. (w roku 2009 r.) wytworzonego prądu – chyba, że podatnik udowodni, że było inaczej.