Gilowska od lat chorowała na serce. Z powodu złego stanu zdrowia w 2013 r. zrzekła się członkowstwa w RPP, w której zasiadała od 2010 r. z nominacji prezydenta Lecha Kaczyńskiego.
Gilowska była jednym z założycieli Platformy Obywatelskiej, była posłanką tej partii w latach 2001-2005. Wystąpiła z PO w atmosferze skandalu, gdy zarzucono jej nepotyzm. Kolejny raz dostała się do Sejmu w 2007 r. z list PiS. Mandatu zrzekła się w 2008 r.,
Od stycznia 2006 r. do listopada 2007 r., z krótkimi przerwami, była ministrem finansów w rządach PiS. Zasłynęła m.in. obniżką składki rentowej, co okazało się decyzją wyjątkowo fortunną: część ekonomistów uważa, że m.in. dzięki temu bodźcowi fiskalnemu polska uniknęła recesji w czasie globalnego kryzysu finansowego.
W roli ministra finansów Gilowska zlikwidowała trzecią stawkę PIT (40 proc.), wprowadziła ulgi podatkowe na dzieci oraz odmroziła progi podatkowe, które wcześniej przez kilka lat się nie zmieniały.
Gilowska była profesorem nauk ekonomicznych. Tytuł uzyskała w 1999 r. Od tego czasu wykładała na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, była też członkinią Komitetu Nauk Ekonomicznych PAN.
