Wśród największych wyzwań związanych z audytem wewnętrznym spółki wymieniają działalność w trybie pracy zdalnej. Wskazują na konieczność zmian w programach rozpoczętych audytów, na utrudnienia w dostępie do danych i pracowników, wydłużony czas realizacji audytów oraz konieczność zapewnienia bezpiecznych form komunikacji. Wskazują również na zwiększone oczekiwania zarządów i rad nadzorczych związane z realizacją dodatkowych zadań (przy braku zwiększania zasobów audytu wewnętrznego). Mowa tu m.in. o rozszerzeniu zakresu działalności doradczej.