Nowymi przepisami objęta zostanie także internetowa sprzedaż lekarstw, w przypadku której dyrektywa przewiduje dodatkowe zabezpieczenia i możliwość śledzenia dostaw. Pojawią się także sankcje nakładane na osoby wprowadzające podrobione leki do obrotu. Szacuje się, że 1 procent leków znajdujących się w legalnej dystrybucji na rynku europejskim to podróbki. Liczba ta cały czas rośnie. W innych częściach świata może ona sięgać nawet powyżej 30 procent. Niepokojący jest również fakt, że podrabiane są coraz częściej leki innowacyjne i ratujące życie. Posłowie uznali za konieczne uregulowanie kwestii sprzedaży leków przez internet, ponieważ głównie tą drogą na rynek dostają się podrabiane lekarstwa. Dlatego w krajach, w których dozwolone jest funkcjonowanie aptek internetowych będą one musiały ubiegać się o pozwolenie na sprzedaż leków. Na stronie internetowej aptek pojawi się specjalne logo, które ułatwi nabywcom stwierdzenie, czy dana strona internetowa oferująca sprzedaż produktów leczniczych jest powiązana z apteką posiadającą stosowne pozwolenie. Logo prowadzić będzie także do portalu utworzonego przez państwa członkowskie, na którym możliwe będzie sprawdzenie autentyczności logo i gdzie zawarte zostaną informacje o ryzyku związanym z zakupem produktów leczniczych przez internet. Dyrektywa wprowadzi zabezpieczające oznakowania, które pojawią się na opakowaniu i ułatwią stwierdzenie autentyczności leku oraz sprawdzenie, czy opakowanie nie było wcześniej otwierane. Zabezpieczenia te miałby zastosowanie do leków na receptę. W przypadku leków sprzedawanych bez recepty nie będą wymagane, chyba że istnieje duże ryzyko jego podrabiania. Ponadto państwa członkowskie będą musiały wprowadzić środki utrudniające dystrybucję sfałszowanych leków i umożliwiające ich wycofanie z rynku nawet już po nabyciu przez pacjentów. O produkcie leczniczym, który może stanowić poważne zagrożenie dla zdrowia powiadamiani będą wszyscy dostawcy i dystrybutorzy oraz nabywcy. Jeśli produkt znalazł się już w sprzedaży, powiadomienie takie musi nastąpić w ciągu 24 godzin, aby można było go jak najszybciej wycofać z rynku i umożliwić zwrot przez nabywców.
Tekst przyjęty przez Parlament jest wynikiem porozumienia zawartego z Radą, która musi go już tylko formalnie zatwierdzić. Po wejściu w życie państwa członkowskie będą miały 24 miesiące na wprowadzenie zmian do ustawodawstwa krajowego.