Audytor zaznaczył, że Pepees utrzymuje kontakty handlowe z podmiotem zależnym (prawdopodobnie chodzi o spółkę Kapslownia), którego kapitały własne na koniec zeszłego roku były ujemne. Wartość udziałów w tym podmiocie oraz należność od tej spółki na koniec badanego okresu zostały objęte przez Pepees rezerwą w ograniczonym zakresie. Dodatkowo łomżyńska spółka udzieliła tej firmie 600 tys. zł poręczenia na kredyt, a w 2002 r. przekazała 300 tys. zł pożyczki na bieżącą działalność. Sam Pepees objął też nowe udziały spółki o wartości 700 tys. zł.
Ponadto w 2001 r. firma dokonała odpisu aktualizującego wartość udziałów w nowo utworzonej spółce zależnej w kwocie 14,5 mln zł ze względu na poniesienie przez nią straty.
Audytor zwrócił również uwagę na przeszło 4,3 mln zł warunkowych zobowiązań Pepeesu, na które spółka nie utworzyła rezerw. Zdaniem audytora, mogą się one pojawić z tytułu ewentualnych roszczeń pracowniczych w związku z nieprzystąpieniem do pracowniczego programu emerytalnego. Zarząd łomżyńskiej spółki jest zdania, że takie roszczenie nie wystąpi.
Raporty finansowe łomżyńskiej spółki analizuje BDO, firma obsługująca najwięcej (44) spółek publicznych. Audytor stwierdził, że jego badanie w dużej mierze polegało na wyrywkowej analizie dowodów i zapisów księgowych.
W 2001 roku Pepees uzyskał 80 mln zł przychodów ze sprzedaży, rok wcześniej 130 mln zł. Zysk na poziomie operacyjnym wyniósł w zeszłym roku 4,3 mln zł (11,8 mln zł w 2000 r.), a netto 0,6 mln zł (6,8 mln zł). Dane te jednak nie są porównywalne, gdyż jednostkowe wyniki za 2000 rok uwzględniały działalność browarniczą spółki, która generowała wówczas ok. 50% przychodów. Aktywa te pod koniec 2000 r. zostały wydzielone z Pepeesu w oddzielną spółkę - Browar Łomża. Zostaną wykazane dopiero w raporcie skonsolidowanym.