Resort skarbu zakłada również, że dzięki strategii konsolidacji państwowych firm, zwiększy się wartość i ilość lekarstw wysyłanych przez nie za granicę. Rozwój eksportu ma się opierać na wykorzystaniu znaku towarowego Polfa. Po to właśnie m.in. ma być włączona w struktury spółka należąca w 100% do Ciechu. Jest ona bowiem właścicielem znaku Polfa w 38 krajach.
Zwiększony eksport ma być możliwy również dzięki poszerzonej ofercie produktów połączonych spółek. Do tej pory każda eksportowała samodzielnie, nie było kooperacji w zakresie łączenia ofert. Współpraca firm w tym zakresie pozwala na obniżenie kosztów zagranicznej sprzedaży poprzez wykorzystanie jednej, silnej struktury dystrybucyjnej.
Wszystkie trzy spółki, na których ma się opierać Polski Koncern Farmaceutyczny, borykają się z wieloma problemami. W dokumencie, który został opracowany w resorcie skarbu, przedstawiono kilka.
Konsolidacja podmiotów zwykle owocuje potrzebą optymalizacji zatrudnienia. W każdym z podmiotów mających wejść w skład PKF z pewnością działają struktury produkcyjne, handlowe, finansowe, administracyjne i pomocnicze, które mogą być zmniejszone. Dokument rządowy wskazuje, że przerost zatrudnienia jest największy w Polfie Tarchomin (szacowany na około 900 osób). W Polfie Warszawa pracuje ok. 450 osób za dużo, a w Pabianicach 200. Łącznie we wszystkich trzech firmach zatrudnienie na koniec 2002 roku wynosiło około 4,8 tys. osób. Realizacja założeń przedstawionych w planach resortu skarbu będzie oznaczać zwolnienie prawie 1/3 pracowników. Spotka się to z pewnością z oporem dość silnych zakładowych związków zawodowych, które już obecnie mają obawy dotyczące pomysłu stworzenia Polskiego Koncernu Farmaceutycznego.
Poza tym spółki są właścicielem zbędnego majątku, który nie jest wykorzystywany do działalności produkcyjnej i powinien być sprzedany. Na przykład Polfa Warszawa posiada atrakcyjne nieruchomości przy ulicy Karolkowej (około 5 ha), których może się pozbyć i przenieść produkcję do zakładów zlokalizowanych poza miastem.
Autorzy strategii powstania PKF twierdzą, że jednym z poważniejszych problemów, jakie są do rozwiązania w koncernie, jest niska jakość kadr zarządzających. Przyglądając się wynikom finansowym Polf można odnieść wrażenie, że zwłaszcza władze Polfy Tarchomin nie mają pomysłu na działalność. W latach 2001-2002 tarchomiński producent wypracował jedynie 4 mln zł zysku netto. W tym samym czasie Polfa Pabianice wygenerowała prawie 29 mln zł zysku netto, a Polfa WarPoza tym, firmy przeznaczone do konsolidacji cierpią z powodu wysokiego zadłużenia szpitali (przede wszystkim Polfa Tarchomin). Polfy Pabianice i Warszawa mają niskie zadłużenie kapitału własnego (relacja zobowiązań krótkoterminowych i długoterminowych do kapitału własnego wyrażona w procentach), które wynosiło na koniec 2002 roku odpowiednio 11% i 9%. O wiele większy bagaż długów ma Polfa Tarchomin (wskaźnik zadłużenia kapitału własnego wynosił prawie 35%).