Spór dotyczy podatku od zysków PKE za 2000 r. Fiskus i koncern miały różne zdania na temat, kiedy, po włączeniu siedmiu elektrowni do nowej spółki, należało zamknąć ich księgi rachunkowe i rozpocząć księgowość całego koncernu. Różnica w interpretacji przekłada się na wysokość podatku. PKE powołano w maju 2000 roku, ale elektrownie utraciły osobowość prawną w końcu grudnia.
Sprawa wyszła na jaw w 2002 r., kiedy Urząd Kontroli Skarbowej przeprowadził kontrolę w PKE. Wydane wtedy decyzje, utrzymane następnie w mocy przez dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach, zostały zaskarżone przez koncern do sądu. Przedstawiciele PKE podkreślali, że wszelkie ruchy były wielokrotnie konsultowane ze specjalistami o krajowym autorytecie w dziedzinie finansów, podatków i prawa, a podobne rozwiązania stosowano również w wielu innych łączących się firmach. Fiskus stał na stanowisku, że PKE powinien oddać nienależnie pobrany - według służb skarbowych - zwrot z tytułu nadpłaty podatku z zysku za 2000 r. Chodziło też o podatek dochodowy od osób prawnych w tym okresie, związany z dochodami z dywidend oraz udziałami w zyskach osób prawnych.
W trakcie przepychanki z fiskusem PKE zdecydował się na zawiązanie rezerw, które teraz - po ostatecznym wyczerpaniu drogi prawnej - mogą być rozwiązane, powiększając zysk koncernu.
Sprawa nie jest jeszcze zakończona. W ciągu miesiąca strony mają otrzymać pisemne uzasadnienie wyroków. Organy skarbowe mogą wnioskować o ich kasację.
W skład PKE wchodzi obecnie osiem elektrowni i elektrociepłowni z południowej Polski. W grupie kapitałowej są 42 firmy, m.in. dwie kopalnie węgla. Koncern ma 18-proc. udział w krajowej produkcji energii i 16% lokalnego rynku ciepła. W 2004 r. zysk spółki wyniósł ok. 220 mln zł. Przychody przekroczyły 3,6 mld zł. W przyszłym roku papiery PKE zadebiutują na giełdzie.