Stanford został oskarżony o oszustwo, w wyniku którego inwestorzy stracili ponad 7 miliardów dolarów. Miał to być klasyczny schemat piramidy finansowej w stylu Ponziego.

Sędzia David Hittner z Hous-ton odrzucił argumenty obrony, iż urazy głowy, jakich Stanford doznał w wyniku ataku współwięźniów, uniemożliwiają mu udział w procesie, gdyż nie pamięta tego, co działo się wcześniej. Prokurator Gregg Costa apelował do Hittnera, aby nie dał się zwieść. – Chce się wykręcić od odpowiedzialności w taki sam sposób, jak oszukiwał inwestorów przez ponad 20 lat – przekonywał.

Informacje o malwersacjach Stanforda pojawiły się w lutym 2009 roku. Instytucje nadzoru finansowego z Komisją?Papierów Wartościowych i Giełd (SEC) na czele prześwietliły wtedy Stanford Financial Group, by sprawdzić, w jaki sposób wypracowuje ona wyższe niż rynkowe stopy zwrotu. Okazało się, że inwestorom prezentowano hipotetyczne wyniki jako rzeczywiste. Już kilka lat wcześniej Ambasada USA na Bahamach donosiła o krążących plotkach, jakoby firmy kontrolowane przez Stanforda zamieszane były w łapownictwo, pranie brudnych pieniędzy i polityczne machinacje.

Agenci federalni 17 lutego 2009 r. na prośbę SEC przeprowadzili rewizje w siedzibie Stanford Financial Group. SEC oskarżyła Stanforda o oszustwo. Jego aktywa, a także majątek kontrolowanych przezeń firm, zostały zamrożone. Do 18?czerwca 2009 r. Stanford pozostawał jednak na wolności.

Według SEC Stanford i jego wspólnicy zorganizowali wielką piramidę finansową, sprzeniewierzyli miliardy dolarów należące do inwestorów i aby to ukryć, fałszowali sprawozdania finansowe Stanford International Bank.

25 czerwca 2009 r. Stanford już po aresztowaniu pojawił się w sądzie w Houston. Zaprzeczył wówczas, jakoby dopuścił się oszustw. W listopadzie 2010 r. brutalnie pobity przez współwięźniów znalazł się w szpitalu.?Jego proces miał się zacząć 11 stycznia 2011 r., ale na skutek problemów zdrowotnych oskarżonego datę przesunięto.

Stanford karierę w biznesie zaczął od prowadzenia siłowni, ale mu się nie powiodło. Pierwszy sukces odniósł na rynku nieruchomości na początku lat 80.