Dwukrotnie kierował bowiem resortami zajmującymi się sprawami ochrony zasobów – najpierw (w latach 1997–1999) był ministrem ochrony środowiska, zasobów naturalnych i leśnictwa w rządzie Jerzego Buzka, a następnie (w latach 2005–2007) kierował resortem środowiska podczas rządów Kazimierza Marcinkiewicza i Jarosława Kaczyńskiego.
Pomiędzy tymi okresami był sekretarzem stanu w Ministerstwie Środowiska i kierownikiem tego resortu. W lipcu 2006 wydał decyzję o środowiskowych uwarunkowaniach realizacji obwodnicy przecinającej Dolinę Rospudy. Tym samym naraził się na krytykę obrońców przyrody, wielu naukowców, części społeczeństwa oraz przedstawicieli Unii Europejskiej.
Wcześniej był też związany z administracją państwową pełniąc funkcję dyrektora Krajowego Zarządu Parków Narodowych w Ministerstwie Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa.
Zdaniem Bolesława Jankowskiego, eksperta komitetu ds. polityki klimatyczno-energetycznej Krajowej Izby Gospodarczej Szyszko będzie zwolennikiem szerszego spojrzenia na politykę klimatyczno-energetyczną Unii Europejskiej nie tylko poprzez pryzmat problematycznych dla Polski celów w zakresie redukcji emisji dwutlenku, ale także przez działania na rzecz ochrony lasów i odpowiednią gospodarkę tymi zasobami, które mogą korzystnie wpłynąć na bilans redukcji CO2.
Oprócz aktywności politycznej, Szyszko jest także pracownikiem naukowym. Ma tytuł profesora.
