Ostateczny wynik za 2009 r. obciążyły poważnie koszty restrukturyzacji — 139 mln złotych. Złożyły się na to redukcje zatrudnienia, nowy program emerytalny, zmiany płacowe w firmie. Zrestrukturyzowany został także dług spółki, który wynosi 1,867 mld złotych, ale jego obsługa jest mniej kosztowna dzięki umowom wynegocjowanym z bankami.
Zdaniem właściciela przewoźnika — Ministerstwa Skarbu Państwa, restrukturyzacja postępuje zbyt wolno. — Chętnie bym ją przyspieszył, skoro mam przyzwolenie, ale nie mam za co — powiedział Sebastian Mikosz. - Jeśli tylko otrzymam od państwa niezbędne środki, jestem gotów przyspieszyć te procesy - dodał. Na dodatkowe pieniądze jednak Lot nie ma co liczyć. Minister Skarbu Aleksander Grad zapowiedział, że Lot nie ma co nawet marzyć o wsparciu państwa, jeśli nie zostanie dostatecznie szybko przekształcony w dochodowego przewoźnika.
Z tymi pieniędzmi nie jest najgorzej. Na koniec roku Lot miał 119 mln złotych zapasów gotówki, o 77 mln złotych więcej, niż rok wcześniej. To jest kluczowe w sytuacji, kiedy trwa kosztowna wymiana floty przewoźnika.
Liczba przewiezionych pasażerów wyniosła w 2009 4,102 mln łącznie na trasach regularnych i czarterowych. Przy tym na trasach regularnych Lot przewiózł o ok 300 tys. pasażerów mniej, niż rok wcześniej. Mniejsze były także przychody — 2,724 mld złotych wobec 2,856 mld rok temu.
Powody takiej sytuacji są dwa. Po pierwsze: rok ubiegły był dla europejskiego lotnictwa wyjątkowo trudny. Po drugie: Lot wszedł na rynek z agresywnymi promocjami, które z jednej strony pomogło lepiej wypełnić samoloty (do powyżej 70 proc), ale zmniejszyło jednostkowe ceny biletów. Z kolei utrzymywanie do końca wysokich cen ostatnich miejsc w samolotach, czego już nie robi większość konkurencji, spowodowała, że najdroższe miejsca w Locie najczęściej pozostają puste. Spadły za to koszty sprzedaży dzięki szerszemu niż dotychczas wykorzystaniu Internetu.