Manilski projekt już od początku był mocno wątpliwy. Fraport jako generalny wykonawca terminalu utworzył spółkę z filipińską firmą Piatco. Co ciekawe, w przedsięwzięciu tym Niemcy mieli 65% udziałów, ale dawały one zaledwie 30% głosów, dzięki czemu firmę kontrolowali właściciele Piatco, rodzina Cheng. - Sytuacja wyglądała tak, że Chengowie decydowali, a Fraport płacił - przyznał jeden z manilskich analityków. Przed kontaktami z rodziną przedsiębiorców ostrzegała Niemców już wcześniej firma audytorska KPMG. Mimo to prezes Fraportu Wilhelm Bender podpisał w lipcu 1999 r. umowę z Filipińczykami.
Istnieją podejrzenia, że zyskowny kontrakt z Niemcami rodzina Cheng zdobyła dzięki doskonałym kontaktom z rządzącą wówczas Filipinami skorumpowaną ekipą rządową Josepha Estrady. Nowa szefowa rządu Gloria Macapagal Arroyo uznała go za nieważny.
Mimo że rzecznik Fraportu Klaus Busch zaprzecza, analitycy podejrzewają, że koncern utopił w Manili znaczną część środków uzyskanych z debiutu giełdowego z lipca 2001 r. (pozyskał wówczas z rynku 914 mln euro). Projekt został zawieszony, ponieważ banki odmówiły Niemcom kredytów na kwotę 440 mln USD. Fraport wezwał rodzinę Cheng, aby swoje udziały w budowlanej spółce przekazała do 5 kwietnia do państwowej agencji powierniczej. Liczy na odblokowanie inwestycji w dialogu z filipińskim rządem.
Problemy w Manili przełożyły się natychmiast na notowania giełdowe Fraportu (spółka wchodzi w skład indeksu MDax). Mogą mieć również wpływ na wyniki finansowe. Raportu za ub.r. koncern jeszcze nie opublikował, a w 2000 r. wypracował 128,7 mln zysku netto.
Największymi akcjonariuszami Fraportu jest miasto Frankfurt oraz rząd krajowy Hesji.
