System ochrony zdrowia w Polsce, szczególnie w ostatnim okresie, narażony był na wiele zmian, często o rewolucyjnym charakterze. Prowadzone od wielu lat "reformy", zmieniające w sposób nagły warunki funkcjonowania i środowisko, w którym działają organizacje ochrony zdrowia, uczyniły cały system mało efektywnym i źle ocenianym przez większość społeczeństwa. Brak długofalowej i konsekwentnej polityki zdrowotnej łączy się z olbrzymimi trudnościami, z jakimi borykają się zarządzający, i budzi niezadowolenie samych polityków. Stabilizacja systemu, działania porządkujące o charakterze bardziej ewolucyjnym, modyfikującym zaistniały stan rzeczy, wydają się najważniejszymi zadaniami stającymi przed podmiotami odpowiedzialnymi za funkcjonowania ochrony zdrowia w naszym kraju.
Wśród wielu nierozwiązanych problemów, takich jak zadłużenie szpitali (czy innymi słowy, stwarzanie takich warunków funkcjonowania, aby jednostki ochrony zdrowia ponownie się nie zadłużały), tworzenie dodatkowych ubezpieczeń zdrowotnych, dbałości o rozwój medycyny rodzinnej i możliwości kształcenia lekarzy, znajduje się kwestia racjonalnego gospodarowania lekami, środkami diagnostycznymi i materiałami medycznymi.
W tym ostatnim przypadku podejmujący decyzje, zarówno na szczeblu makroekonomicznym, związanym z refundacją, jak i mikroekonomicznym, powiązanym z funkcjonowaniem szpitali lub przychodni, mają do dyspozycji sprawdzone i dobrze funkcjonujące na całym świecie narzędzie wspomagające zarządzanie, jakim jest farmakoekonomika.
Najbardziej ogólna definicja mówi, że farmakoekonomika jest to ekonomiczna ocena środków farmaceutycznych.
Z językowego punktu widzenia słowo farmakoekonomika pochodzi od greckiego "pharmakon" - lek i "oikonomia" - oszczędność lub łacińskiego "oeconomia" - gospodarowanie.