Zdaniem organizacji pozarządowych, wiele inwestycji umieszczonych na wstępnej liście projektów dla Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko nie spełnia kryteriów określonych w przepisach Unii Europejskiej. Najbardziej krytykowane są projekty związane z ochroną przeciwpowodziową. Ekolodzy uważają, że realizacja części tych inwestycji jest sprzeczna z dyrektywami środowiskową i wodną oraz polityką Unii Europejskiej w kwestii zatrzymania utraty bioróżnorodności (zróżnicowania form życia: wszystkich roślin, zwierząt i mikroorganizmów występujących na danym obszarze).
Organizacje pozarządowe podkreślają, że więcej pieniędzy z funduszy europejskich należy przeznaczyć na wykorzystanie odnawialnych źródeł energii.
Jerzy Kwieciński, wiceminister rozwoju regionalnego, przyznaje, że projekty z zakresu ochrony środowiska są często źle przygotowane. Jego zdaniem, lista inwestycji rezerwowych jest tak długa, że w razie odrzucenia jakiegoś wniosku szybko będzie można go zastąpić nowym. - Na realizację projektów związanych z gospodarką wodno-ściekową mamy 2,7 mld euro. Zgłoszono wnioski na 12 mld euro - przypomina Kwieciński. Wiceminister dodaje, że o ile w Programie Operacyjnym Infrastruktura i Środowisko być może przeznaczono zbyt mało środków na projekty związane z wykorzystaniem energii odnawialnej, to przecież inwestycje i badania w tym zakresie można finansować środkami z Programu Innowacyjna Gospodarka, gdzie pieniędzy jest znacznie więcej.
Katarzyna Charzyńska, przedstawicielka Komisji Europejskiej, potwierdza, że piętą achillesową polskich projektów jest niezgodność z dyrektywami UE, unijnym programem Natura 2000 i polityką utrzymania bioróżnorodności. - Z powodu wyznaczenia w Polsce niewystarczających terenów od programu Natura 2000, Komisja uzgodniła warunek związany ze współfinansowaniem projektów przez fundusze Unii Europejskiej w latach 2007-2013 - dodaje Katarzyna Charzyńska. Oznacza to, że niezależnie od wcześniejszej akceptacji programów, KE nie da pieniędzy na projekty, które negatywnie oddziałują na potencjalne obszary chronione.
Z wstępnych szacunków KE wynika, że w ramach Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i Funduszu Spójności 30 proc. środków zostanie przeznaczonych na działania korzystne dla środowiska, np. na projekty związane z czystym transportem publicznym i odnawialnymi źródłami energii, z czego 10 proc. (6,5 mld euro) bezpośrednio na środowisko i przeciwdziałanie zagrożeniom (zarządzanie odpadami, ścieki, woda pitna, zarządzanie powodziami, itp.).
