Trybunał Konstytucyjny orzekł, że rozporządzenie Ministerstwa Finansów, które wprowadza poza ustawą o podatku VAT dodatkowe warunki pozwalające przedsiębiorcy odliczyć podatek, jest niezgodne z Konstytucją, bo wykracza poza ustawowe regulacje. Przepis umożliwia sprzedawcom udzielanie rabatów już po wystawieniu faktur. TK uznał, że mogą pojawić się opóźnienia przy uzyskiwaniu potwierdzenia odbioru faktury korygującej od klienta i tym samym może nie dojść do odliczenia podatku. A to byłoby niezgodne z zasadą neutralności podatku od wartości dodanej.
- Rozporządzenie pozwala kontrolować prawidłowość rozliczania VAT-u. Ponadto sprzedawca udzielający rabatu jest zwykle w kontakcie z nabywcą, więc nie powinien mieć większych problemów z uzyskaniem potwierdzenia - broniła aktu prawnego przed TK Hanna Majszczyk z Ministerstwa Finansów.
Trybunał miał jednak inne zdanie. Stwierdził też, że należy rozważyć przeniesienie tych uregulowań do ustawy. Według TK, przy kształtowaniu treści przepisów kontrolnych ustawodawca musi zapewnić jednocześnie zasadę neutralności podatku VAT oraz ochronę interesu finansowego Skarbu Państwa.
Rozporządzenie MF z 25 maja 2005 roku w sprawie zwrotu podatku VAT i wystawiania faktur zaskarżył do TK Rzecznik Praw Obywatelskich. Rzecznik zwracał uwagę na fakt, że obowiązek obliczenia VAT-u przy sprzedaży towaru czy usługi spoczywa na sprzedającym. To oferent musi również pobrać i wpłacić podatek.
Prawo straci moc dopiero po 12 miesiącach od publikacji wyroku, by był czas na zmianę ustawy.