W przypadku transakcji realizowanych w obrębie spółek krajowych grup kapitałowych dodatkowo może wystąpić podwójne opodatkowanie dochodów z transakcji. Gdy bowiem dojdzie do zakwestionowania cen transferowych u jednej z powiązanych stron transakcji, brak mechanizmu przeprowadzenia stosowanej korekty dochodu u drugiej strony (powiązanego krajowego kontrahenta z grupy). Mechanizm umożliwiający eliminację podwójnego opodatkowania przewidziany jest bowiem tylko w sytuacji zagranicznego kontrahenta powiązanego. Zasady korekty zysku przy transakcjach z powiązanymi kontrahentami zagranicznymi określa rozporządzenie ministra finansów.
Jeśli na dodatek spółka nie jest w stanie przedstawić na żądanie organów skarbowych wymaganej dokumentacji cen transferowych dla transakcji zawartych z podmiotami powiązanymi, a w wyniku kontroli zostaną one zakwestionowane (metoda ustalenia ceny), skutkować to może zwiększeniem kwoty podatku i będzie on naliczany według stawki sankcyjnej wynoszącej 50 proc.
Wagę cen transferowych, jako obszaru zainteresowania i kwestionowania przez organy podatkowe potwierdzają dane Ministerstwa Finansów o wynikach kontroli przeprowadzonych w latach 2008 – 2009. Chociaż ich liczba w analizowanym okresie spadła do 278 z 338, to kwota dodatkowo oszacowanego podatku dochodowego zwiększyła się do 88 mln z 28 mln zł (w 2008 r.). Oznacza to wzrost przeciętnej kwoty doszacowanego dochodu z tytułu stosowania nierynkowych cen transferowych. Również w wytycznych Ministerstwa Finansów dotyczących priorytetów kontroli skarbowych wynika, że w bieżącym roku jednym ze szczególnie badanych obszarów będą ceny transferowe.
W konsekwencji, z punktu widzenia zarządzania ryzykiem cen transferowych w obrębie grupy kapitałowej istotne jest takie przygotowanie spółek do ewentualnej kontroli, które zabezpieczy je przed możliwymi konsekwencjami. Podatkowymi narzędziami zarządzania cenami transferowymi w grupach kapitałowych są w szczególności polityka cen transferowych oraz procedura opracowania ich dokumentacji. Podstawowym narzędziem zarządzania ryzykiem w zakresie cen transferowych i obrony stosowanych rozwiązań jest dokumentacja cen transferowych, która powinna być uzupełniana i aktualizowana na bieżąco (minimum raz w roku, na koniec roku podatkowego), gotowa do zaprezentowania w razie jej zażądania przez organy podatkowe.
W grupach kapitałowych, skupiających często wiele podmiotów o różnych profilach funkcjonalnych zapewnienie, że wszystkie spółki będą w wymaganym terminie przygotowane do przedstawienia niezbędnej dokumentacji cen transferowych i ewentualnej kontroli, jest w praktyce znacznym wyzwaniem. Oznacza to konieczność opracowania i implementacji procedur związanych z dokumentowaniem transakcji zawieranych w obrębie grupy kapitałowej. Wprowadzone procedury wewnętrzne dotyczące opracowania dokumentacji cen transferowych powinny zapewniać przepływ niezbędnych informacji, na bazie których jest ona opracowywana (dla nowych transakcji) i aktualizowana (w przypadku transakcji „kontynuowanych”). Jest to szczególnie ważne, biorąc pod uwagę termin siedmiu dni od momentu jej zażądania, w którym kompletna dokumentacja powinna zostać przedstawiona.