Standardy nie stanowią spójnego, zintegrowanego zestawu zasad rachunkowości. Niezgodności pojawiają się nie tylko wewnątrz poszczególnych standardów, ale także pomiędzy nimi. W dodatku często można wybrać różne opcje w ramach tych samych standardów.
Zarówno Rada Międzynarodowych Standardów Rachunkowości (RMSR), jak i Komitet ds. Interpretacji Międzynarodowej Sprawozdawczości Finansowej (IFRIC) pracują nad ujednoliceniem podejścia, jeśli chodzi o najbardziej kontrowersyjne obszary - transakcje pod wspólną kontrolą, nabycie udziałów mniejszościowych oraz programy lojalnościowe. Nadal jednak nie ma żadnego zestawu najlepszych praktyk MSSF, uwzględniającego specyfikę poszczególnych branż.
A oto kilka przykładowych obszarów, w przypadku których trudno o jednakową czy też porównywalną rachunkowość.
Wyłączenia w MSSF 1
Ze wzglźdów praktycznych MSSF 1 "Zastosowanie Międzynarodowych standardów sprawozdawczości finansowej po raz pierwszy" zezwolił na znaczną liczbę wyłączeń dotyczących innych standardów. To może mieć znaczący wpływ na sprawozdania finansowe spółek jeszcze przez wiele lat, w szczególności dotyczy to możliwości niezastosowania się do MSSF 3 "Połączenia jednostek gospodarczych", zwłaszcza w przypadku połączeń, które już miały miejsce. Z analizy przeprowadzonej przez Ernst & Young wynika, że zdecydowana większość spółek stosujących MSSF po raz pierwszy wykorzystuje zwolnienia. Ponadto, ze względu na historycznie inne zasady rachunkowe w poszczególnych krajach Unii, występują różnice w samym zastosowaniu MSSF 1.