Fakt zaskarżenia przez rosyjską część kierownictwa EuRoPol Gazu decyzji prezesa Urzędu Regulacji Energetyki o wysokości opłat za przesył gazu przez tyretorium Polski do Sądu Ochrony Konkurencji i Konsumentów może zapowiadać poważne problemy. Po podobnym proteście przed rokiem, rosyjski eksporter gazu - należąca do Gazpromu firma Gazprom Export - nie płaciła pełnych stawek EuRoPol Gazowi za tranzyt błękitnego paliwa.

Pod koniec 2005 r. URE otrzymało od EuRoPol Gazu dwie sprzeczne propozycje taryf. Podobnie jak pod koniec 2006 r., Rosjanie z zarządu spółki wnioskowali o obniżkę opłat za przesył gazu, a polscy menedżerowie - także o obniżkę, ale mniejszą. Uchwalona w 2005 r. przez URE taryfa na 2006 r. była zbliżona do propozycji polskiej części zarządu EuRoPol Gazu. Rosjanie zaskarżyli tę decyzję urzędu i sprawa trafiła do SOKiK. Jednocześnie od początku 2006 r. rosyjski eksporter gazu płacił EuRoPol Gazowi tylko część należnej stawki tranzytowej. Opłaty wnoszone przez Gazprom Export były naliczane zgodnie ze stawkami proponowanymi przez dwóch rosyjskich członków zarządu EuRoPol Gazu we wniosku taryfowym. Gazprom Export uzasadniał, że kwoty, które płaci, pozwalają na funkcjonowanie EuRoPol Gazu. Tym samym miały być zgodne z założeniami polsko-rosyjskiej umowy o tranzycie rosyjskiego gazu przez Polskę. Stanowiła ona, że celem EuRoPol Gazu nie jest maksymalizacja zysku, ale jedynie utrzymywanie działalności. Polska strona podkreślała, że EuRoPol Gaz powinien osiągać zysk, aby spółka mogła spłacać ogromne zadłużenie.

Zdaniem osób zbliżonych do polsko-rosyjskiej spółki, jest wysoce prawdopodobne, że również w tym roku Rosjanie będą płacić za przesył gazu przez Polskę według własnej stawki. Oznacza to, że faktyczne przychody EuRoPol Gazu będą prawdopodobnie niższe niżby wynikało z uchwalonej niedawno przez URE taryfy. Zaległości w opłatach za tranzyt gazu w ubiegłym roku wynosiły na koniec listopada 2006 r. 19,23 mln dolarów. Pogorszenie kondycji finansowej EuRoPol Gazu jest na rękę stronie rosyjskiej. Gdyby spółka nie była w stanie spłacać 1,2 miliarda dolarów zadłużenia wobec Gazprombanku, należący do Gazpromu bank mógłby przejąć majątek EuRoPol Gazu - polski odcinek gazociągu jamalskiego.