Według raportu NIK, błędy były popełniane już na początku procesów prywatyzacyjnych, czego dowodem jest choćby fakt, że brakowało jednolitych kryteriów przy wyborze spółek przekazywanych Agencji Prywatyzacji przez Ministerstwo Skarbu Państwa w celu ich sprzedaży. Zdaniem specjalistów NIK, wybór przypominał wyciąganie losów z kapelusza. W upoważnieniach do prywatyzacji, jakie udzielane były Agencji, często nie określano ani jej szczegółowych warunków, ani celu. Same upoważnienia i pełnomocnictwa, Według NIK, najeżone były błędami i nieścisłościami.
Krytyczne uwagi dotyczą zlecania firmom doradczym analiz prywatyzowanych spółek oraz wycen ich wartości. W kilku przypadkach stwierdzono nierzetelność w pracach komisji przetargowych, dokonujących wyboru doradców. Za niegospodarne uznano odpłatne zlecanie ekspertom spoza Agencji weryfikacji analiz przedprywatyzacyjnych, które również wykonywali doradcy spoza AP. NIK dostrzegła też znaczne rozbieżności w wycenach spółek oraz pomijanie istotnych składników majątku.
Według Izby, Ministerstwo Skarbu Państwa nie potrafiło skutecznie kontrolować tego, co działo się w spółkach po sprywatyzowaniu. Wynikało to z opóźnień w przesyłaniu przez MSP do delegatur w terenie kopii umów prywatyzacyjnych. Terminy były przekraczane nawet o 15 miesięcy. Oznacza to, że pracownicy delegatur nie znali szczegółów sprzedaży danej firmy.
Kontrolerzy NIK za zbyt liberalny uznali też sposób naliczania przez Agencję odsetek od nie zapłaconych rat. Gdyby naliczano je w sposób rynkowy, byłyby one wyższe. Raport zwrócił też uwagę na działania inwestorów niezgodne z interesami SP. Polegały one na realizowaniu przez przejęte firmy transakcji w interesie ich nowych właścicieli.
Wyniki inspekcji NIK zbiegły się w czasie z likwidacją Agencji Prywatyzacji. Jej zadania przejmuje z powrotem MSP. Kontrola pokazała jednak, że Agencja z roku na rok radziła sobie sprawniej, gdyż jej działania, mimo opisanych niejasności, były coraz bardziej efektywne. Zdaniem NIK-u, nie ma gwarancji, że MSP poradzi sobie lepiej od likwidowanej AP.