Pozostałe rozliczenia są przeprowadzane w systemie elektronicznym (ELIXIR). Ich wartość wynosi około 18 mld zł dziennie. KIR chce, żeby w drugim półroczu 2004 roku wszystkie transakcje były rozliczane przez komputery. Według prezesa izby Tadeusza Ołdakowskiego, w Niemczech system ten funkcjonuje już od kilku lat, a we Francji od połowy 2002 roku. Według niego, wyeliminowanie obrotu papierowego pozwoli na szybszą wymianę informacji oraz automatyczne rozliczanie transakcji, co w efekcie przyniesie obniżkę kosztów. Rozliczenie transakcji elektronicznej jest kilkakrotnie tańsze (średnio bank płaci za nią 15 groszy) niż papierowej (2,2 zł). Na razie najwięcej transakcji papierowych pochodzi od Banku Pocztowego, Banku Polskiej Spółdzielczości oraz PKO BP.
Wraz z wycofywaniem z obrotu transakcji papierowych KIR koordynuje też wprowadzanie w bankach nowego standardu numeru rachunku bankowego. Ma on zostać wdrożony do połowy 2004 roku. Dodatkowo izba wraz z NBP, Związkiem Banków Polskich oraz bankami pracuje nad standaryzacją dokumentów bankowych. Jest to bowiem warunek konieczny do zastosowania na szerszą skalę ich skanowania i zamiany z formy papierowej na elektroniczną. Dzięki temu już teraz KIR przeprowadza ponad 3 mln transakcji bankowych w ciągu miesiąca.
