Oficjalnie agendę rządową powołano do życia w maju 1996 roku. Powstała w formie spółki akcyjnej. "Proces prywatyzacji rafinerii jest konieczny, ze względu na malejącą atrakcyjność rafinerii w wyniku obniżania się barier ochronnych i zmniejszenia ograniczeń importowych" - czytamy w pierwszym oświadczeniu Nafty Polskiej z 1996 r.
W skład 11-osobowej rady nadzorczej weszli Ryszard Pazura, ówczesny wiceminister finansów, Paweł Czechowski, Roman Czerwiński - wiceminister przemysłu, Piotr Czyżewski - obecny minister resortu skarbu, Marek Dietrich, Bronisław Kamiński, Marian Kanton z Pekao, Krzysztof Szamałek - obecnie podsekretarz stanu w Ministerstwie Ochrony Środowiska, Władysław Szymański - były doradca Waldemara Pawlaka i Włodzimierza Cimoszewicza, Mirosław Wyrzykowski oraz Jerzy Zimowski - były wiceminister spraw wewnętrznych. Prezesem Nafty Polskiej został Jerzy Kamiński - podsekretarz stanu w ówczesnym Ministerstwie Współpracy Gospodarczej z Zagranicą. Do zarządu spółki weszli Marek Bakuła z CPN, Sergiusz Najar - z Banku Handlowego, a obecnie podsekretarz stanu w Ministerstwie Infrastruktury oraz Władysław Wawak z Petrochemii Płock, obecnie z PKN Orlen, i Marek Foltynowicz z Rafinerii Gdańskiej.
M. Foltynowicz bardzo dobrze wspomina pierwsze lata pracy. - Pierwszy zarząd Nafty Polskiej składał się z fachowców. Wszyscy byliśmy przy tworzeniu programu restrukturyzacji i prywatyzacji sektora naftowego. Mieliśmy wizję, jak to zrobić i, co ważne, mieliśmy poparcie naszego właściciela, czyli ministra skarbu - twierdzi M. Foltynowicz.
Miały być dwa ośrodki
paliwowe
Pierwotnym założeniem Nafty Polskiej, które opierało się na programie restrukturyzacji sektora naftowego, było utworzenie dwóch, konkurencyjnych ośrodków paliwowych w Polsce. Z CPN wydzielono Dyrekcję Eksploatacji Cystern, zajmującą się transportem kolejowym (obecnie jej właścicielem jest amerykański GATAX Rail Overseas) i spółkę Naftobazy, oferującą usługi magazynowania paliw. Samą CPN chciano podzielić tak, aby wszystkie rafinerie otrzymały część sieci dystrybucji. Tymczasem jednak doszło do zmian w zarządach zarówno Petrochemii Płock, jak i samego CPN.