Prace nad nowelą w komisji finansów publicznych trwały praktycznie od momentu uchwalenia właściwej ustawy w marcu 2004 r. Posłowie opozycji chcieli "wyczyścić" wiele błędów i niedopatrzeń, zgłaszanych przez różne środowiska gospodarcze. Ostatecznie, udało się np. zwolnić firmy z wymogu zapłaty podatku, jeżeli kontrahent nie zapłacił należności za towary (tzw. ulga za złe długi). Doprecyzowano także zasady naliczania VAT-u w kontraktach menedżerskich, a także definicję miejsca zapłaty i świadczenia usług w przypadku eksportu usług poza granice Unii Europejskiej.
Posłowie zajęli się też zasadami odliczania VAT, zapłaconego przez firmy w cenie nabywanych aut. Ustawa z 2004 r. likwidowała słynną "kratkę" (auto w nią wyposażone było traktowane jak ciężarówka, a więc właściciel mógł odliczyć cały VAT). Wprowadzała jednak niezrozumiały wzór Lisaka. Ostatecznie, posłowie poparli poprawkę autorstwa rządu, zgłoszoną przez SLD. Przepisy te dzielą wszystkie auta na trzy kategorie: ciężarowe (o masie powyżej 3,5 t), dostawcze (poniżej 3,5 t, ale spełniające wiele warunków co do przestrzeni bagażowej) i osobowe (pozostałe). Kierowcy aut pierwszych dwóch kategorii będą mogli odliczyć 100% VAT-u w cenie pojazdu i paliwa. Właściciele aut osobowych mogą liczyć na odliczenie 60% podatku, do kwoty 6 tys. zł. Nie mogą jednak odliczać VAT-u naliczonego w cenie paliwa. Teraz ustawa trafi do Senatu.
