Krajowa Izba Gospodarcza jest przeciwna zaproponowanej przez Ministerstwo Finansów interpretacji rozliczania środków z funduszy strukturalnych. Sprawa dotyczy przede wszystkim firm szkoleniowych, które realizują projekty współfinansowane przez UE. Resort uważa, że uzyskiwane przez nie pieniądze powinny podlegać opodatkowaniu podatkiem dochodowemym, a także podatkowi od towarów i usług (VAT). Zdaniem KIG, takie podejście jest niezgodne z prawem. Izba uważa, że pieniądze przeznaczone na realizację projektów unijnych są formą bezzwrotnej pomocy, a zatem nie podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym. Ministerstwo Finansów jest natomiast zdania, że pomoc pochodzi ze środków budżetu państwa pożyczonych na prefinansowanie projektów, a zatem nie jest zwolniona od podatku.
Druga sprawa to opodatkowanie świadczeń wykonywanych przez partnerów realizujących projekt. Według KIG, nie są one odpłatną sprzedażą usług, ale realizacją "wspólnego przedsięwzięcia", nie podlegają więc VAT. MF uważa, że w rozliczeniach między beneficjentem a partnerami konieczne są faktury VAT. W związku ze sprzecznymi interpretacjami pojawiającymi się w urzędach skarbowych, KIG zapowiedział, że zwróci się do ministra finansów o wydanie jednolitej, wiążącej wykładni.
AGR