Zgodnie z nowelizacją ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, 20-proc. podatkiem objęte będą zyski z odsetek i dyskonta od obligacji skarbowych (chyba że kupione zostały przed 1 grudnia br.), ale nie obrót nimi, i to bez względu na miejsce, gdzie nastąpiła sprzedaż. Mówi o tym art. 52 ustawy, który nie precyzuje jednak, na jakich zasadach musi się on odbywać. Wolne od podatku będą więc w przyszłym roku zyski ze sprzedaży dłużnych papierów skarbowych oraz samorządowych zarówno wtedy, jeśli nastąpiła ona na GPW, jak i dokonanej na rynku międzybankowym czy też na podstawie umowy cywilnej.
Także w 2003 r. obrót obligacjami skarbowymi będzie praktycznie zwolniony z podatku. Wolne od niego są bowiem zyski ze sprzedaży papierów dłużnych kupionych przed końcem 2002 r. oraz nabytych w 2003 r. na rynku pierwotnym lub na GPW czy CeTO. Liczy się więc miejsce nabycia, a nie sposób sprzedaży obligacji skarbowych.
I prawdopodobnie - jeśli nic się w przepisach nie zmieni - dopiero od początku 2004 r. zyski ze sprzedaży tego rodzaju papierów wartościowych będą objęte podatkiem. Przy czym Andrzej Fierla, profesor Szkoły Głównej Handlowej, zwraca uwagę, iż nie ma nigdzie w ustawie mowy, iż ma to być 20-proc., zryczałtowany podatek, który zapłacimy od odsetek z obligacji. A więc opodatkowanie dochodu z obrotu obligacjami skarbowymi może się odbywać na zasadach ogólnych, czyli zyski ze sprzedaży będą doliczane do dochodu uzyskiwanego np. z umowy o pracę i objęte podatkiem 19-, 30- lub 40-proc.
Poza tym, podatek od zysków z obligacji, mimo że obejmuje papiery nabyte po 30 listopada br., wchodzi w życie dopiero 1 marca 2002 r. Uzyskane do tego dnia odsetki mają być zwolnione z podatku. Gorzej jest w sytuacji, gdy np. okres odsetkowy zaczyna się w styczniu, a kończy w marcu i odsetki są naliczane za te trzy miesiące. Według ustawy, podatek ma być naliczany tylko za okres od 1 marca 2002 r., czyli w danym przypadku - za marzec. Jednak, zdaniem A. Fierli, ze względu na źle sformułowany przepis, nie do końca jest jasne, czy rzeczywiście tak będzie.
Nie wiadomo też na pewno, kiedy ma być pobierany podatek od zysków z odsetek od obligacji (ten problem dotyczy także lokat bankowych). Ustawa jednak mówi, iż podatek trzeba zapłacić w chwili dokonania wypłaty pieniędzy lub postawienia pieniędzy albo wartości pieniężnych do dyspozycji podatnika. O ile ten pierwszy przypadek nie budzi wątpliwości, to z drugim jest już problem. Urzędnicy resortu finansów twierdzą bowiem, iż np. w przypadku obligacji oszczędnościowych odsetki stawia się do dyspozycji podatnika już w chwili ich kapitalizacji - może bowiem je wypłacić poprzez wcześniejszy wykup papieru - a to, że tego nie robi, nie ma znaczenia. Takie stanowisko jednak oznaczałoby mniejsze zyski klientów, uzyskiwane z odsetek od obligacji oszczędnościowych.