Stocznią Gdynia kierują specjaliści z resortów gospodarki, Skarbu Państwa oraz Agencji Rozwoju Przemysłu. Jednak przedstawiciele rządu nie przewidują, żeby Stocznia Gdynia miała pozostać na stałe w ręku państwa. Przejęcie kontroli nad spółką wynika z faktu, że rząd jako jedyny chce pomagać stoczni finansowo oraz gwarantować zaciągane przez nią kredyty. - W tej sytuacji jest zasadne, że chcemy dokonać zmian statutowych, które dadzą nam władzę w firmie, mimo że nie jesteśmy dominującym akcjonariuszem w spółce - uważa Piotr Czyżewski, wiceminister resortu skarbu państwa. Skarb Państwa ma 24,76% w kapitale gdyńskiej firmy.
Problemy zakładu w Gdyni zaczęły się w 2001 roku. Spółka wypracowała wtedy zysk netto w wysokości 4,13 mln zł, ale analiza wykazała, że przedsiębiorstwo ponosiło straty operacyjne, podobnie jak podstawowa działalność. Warto dodać, że w 2001 r Grupa Stoczni Gdynia sprzedała 18 statków.