Podczas wywiadu w popularnym programie telewizji CBS "60 minut" przedstawiono kilka spośród 19 tysięcy dokumentów, które autor wspomnień O?Neila - Ron Suskind - wykorzystał przy pisaniu książki o znamiennym tytule "Cena lojalności". Departament Skarbu twierdzi, że znalazł się wśród nich jeden, który był opatrzony klauzulą tajności. CBS stanowczo zaprzecza, twierdząc, że pokazano zaledwie pierwszą stronę listu przewodniego tajnego dokumentu. W zgodnej opinii obserwatorów posunięcie administracji ma charakter politycznej zemsty. O?Neill w swojej najnowszej książce otwarcie bowiem atakuje Georga Busha za to, że od pierwszych dni swojej prezydentury jego były szef był opanowany obsesją obalenia Saddama Husajna za wszelką cenę. Operację odsunięcia dyktatora Iraku od władzy miano planować na długo przez zamachami terrorystycznymi z 11 września.
O?Neill odszedł z gabinetu Busha w grudniu 2002 r. Powodem był jego sprzeciw wobec prezydenckiego planu głębokich cięć podatkowych. Dla Busha O?Neill stał się także niewygodny z powodu wielu niekonwencjonalnych wypowiedzi, które kilkakrotnie wywoływały konsternację na Wall Street, wpływając na przebieg giełdowych sesji.
