Średnia pensja w NFOŚiGW ponadtrzykrotnie przekracza średnią krajową i wynosi 7,2 tys. zł. Wysokie uposażenie jednak nie motywuje. Fundusz, którego zadaniem jest wspieranie inwestycji dotyczących ochrony środowiska, za długo rozpatruje wnioski o dofinansowanie. W połowie przypadków okres ten wynosi więcej niż dopuszczalna norma, czyli przekracza 160 dni.
Fundusz ma także poważne opóźnienia we wdrażaniu programu ISPA (pomoc finansowa Unii Europejskiej koordynowana m.in. przez NFOŚiGW). W 2003 r. na realizację inwestycji w ramach pomocy UE wydano 89 mln zł. Zakładano 683 mln zł. Z 32 inwestycji, które miały dostać dofinansowanie z ISPA, w 17 przypadkach nie podpisano żadnego kontraktu na roboty budowlane. W latach 2000-2003 beneficjentom programu wypłacono 22,1 mln euro, w stosunku do 928,7 mln euro przeznaczonych na ten cel. Te środki nadal nie będą wykorzystywane efektywnie. Stan zakontraktowania pieniędzy z ISPA na koniec 2003 r. wynosił zaledwie 258 mln euro.
W ubiegłym roku kosztem 7,5 mln zł Fundusz obdarował 46 samochodami marki Land Rover Freelander Komendę Główną Policji. Dwadzieścia aut tej samej marki trafiło do regionalnych zarządów gospodarki wodnej. Zdaniem NIK, odbyło się to z naruszeniem prawa.
Funduszowi co rok rośnie ilość wolnych środków. Sytuacja prawdopodobnie poprawiłaby się, gdyby współpracował on aktywnie nie tylko z Bankiem Ochrony Środowiska (BOŚ), ale i z innymi podmiotami finansowymi. Dzięki temu mógłby dotrzeć do większej liczby klientów.
NFOŚiGW nie dołożył również należytej staranności przy zawarciu z Południowym Koncernem Energetycznym umowy pożyczki na 352 mln zł. Zakładała ona wypłacenie zaliczki do 160 mln zł. Jej wysokość zależna była od kontraktów, jakie PKE podpisywał z podwykonawcami. Brak analizy tych umów skutkował przekazaniem zaliczki o 36,8 mln zł wyższej.
