Nowelizacja wzbudza mnóstwo kontrowersji. Polska Konfederacja Pracodawców Prywatnych zamierza zaskarżyć do Trybunału Konstytucyjnego kilkanaście przepisów ustawy.

Według posłów komisji poprawki wymaga przepis, zgodnie z którym korygowanie źle wypełnionych zeznań będzie powodowało rozpoczynanie postępowań przez służby fiskusa. Zdaniem przewodniczącego komisji Mieczysława Czerniawskiego, podatnicy ze strachu mogą unikać korekt, co spowoduje spadek dochodów budżetowych.