Chodzi o podatek od zysków za 2000 rok, kiedy powstawał koncern. Spór dotyczy tego, czy z chwilą połączenia się pięciu elektrowni w PKE należało zamknąć ich księgi rachunkowe i rozpocząć księgowość całego koncernu, czy też w 2000 roku elektrownie mogły jeszcze rozliczać się samodzielnie. PKE powołano w maju 2000 r., ale elektrownie utraciły osobowość prawną w końcu grudnia. Fiskus chce, aby PKE oddał nienależnie pobrany - w ocenie służb skarbowych - zwrot z tytułu nadpłaty podatku z zysku za 2000 rok (63 mln zł plus odsetki). Chodzi też o podatek dochodowy od osób prawnych w tym okresie, związany z dochodami z dywidend oraz udziałami w zyskach osób prawnych.
PKE nie zgadza się z decyzjami aparatu skarbowego. - W 2000 roku, podczas tworzenia koncernu, spółce doradzały renomowane kancelarie i firmy doradcze. Wszelkie decyzje były wielokrotnie konsultowane ze specjalistami o krajowym autorytecie w dziedzinie finansów, podatków i prawa - stwierdził Jan Kurp, prezes PKE. Przedstawiciele koncernu uważają, że zastosowane w 2000 roku w PKE zasady rachunkowości były w pełni zgodnie z prawem, a podatki naliczono prawidłowo. Po rozpoczęciu kontroli skarbowej koncern zlecił trzy dodatkowe ekspertyzy, które potwierdziły, że przyjęte rozwiązania były zgodne z ówczesnym prawem.
Koncern wniósł już pierwszą skargę na decyzję UKS do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Drugą wkrótce złoży do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. Utrzymanie decyzji sprawi, że PKE będzie musiał szukać dodatkowych oszczędności poprzez obniżenie kosztów pracy oraz redukcję zleceń dla firm zewnętrznych. Jednym ze sposobów redukcji kosztów jest zmniejszenie zatrudnienia. W ubiegłym roku z PKE dobrowolnie odeszło ponad 260 osób, korzystając z pakietu obniżania kosztów pracy. Do końca 2006 roku koncern chce zmniejszyć zatrudnienie o dalsze tysiąc osób. Dziś zatrudnia niespełna 6500 pracowników.
W tym roku na GPW
W trzecim lub czwartym kwartale 2004 roku planowana jest publiczna oferta mniejszościowego pakietu akcji PKE i wprowadzenie koncernu na warszawską giełdę. Zarząd spółki oczekuje, że jeszcze przed prywatyzacją zapadną decyzje dotyczące zwiększenia mocy grupy oraz włączenia do niej kopalń i spółek dystrybucji energii. Pierwszym krokiem mogłaby być integracja z Elektrownią Kozienice. W grudniu ub.r. podpisano list intencyjny w tej sprawie.