Zdaniem PKPP "Lewiatan" dzisiejszy system wdrażania funduszy unijnych nie sprawdza się. Najlepszym dowodem na to jest fakt, że dotychczas beneficjenci otrzymali zaledwie kilka milionów euro z kilku miliardów oferowanych nam przez Wspólnotę.
Główne wady obecnego systemu to - zdaniem PKPP "Lewiatan" - m.in.: nazbyt skomplikowane procedury formalne, przerosty biurokratyczne, nieczytelny system wyboru projektów, niespójność procesu informacyjnego, brak jednolitych interpretacji prawnych, nieczytelna i rozbudowana struktura podejmowania decyzji o przyznawaniu dofinansowania i wiele innych.
Organizacja proponuje więc zasadnicze zmiany w systemie wdrażania funduszy w latach 2007-2013. PKPP zakłada m.in. uproszczenie procedury aplikacyjnej. Potencjalni beneficjenci składaliby do Regionalnych Instytucji Finansujących wnioski merytoryczne z biznesplanem, ale bez innych formalnych dokumentów, które muszą składać dzisiaj. - Nie wiemy nawet, ile teraz dobrych pomysłów odpada na tym etapie, ponieważ nie spełniają wymogów formalnych - wyjaśnia Małgorzata Krzysztoszek z PKPP "Lewiatan".
Takie wnioski merytoryczne byłyby oceniane przez specjalistów z publicznej bazy ekspertów. Na podstawie ich oceny wyboru projektów godnych finansowania dokonywałby Komitet Sterujący, składający się z przedstawicieli administracji rządowej, terytorialnej oraz partnerów społecznych, a nie - jak dziś - właściwy minister. Dopiero wybranie danego projektu do realizacji oznaczałoby, że jego autor musi dostarczyć w ciągu kilku dni wszystkie niezbędne dokumenty formalne.
Novum propozycji PKPP "Lewiatan" polegałoby również na tym, że od samego początku pracowano by z dokumentami w wersji elektronicznej, a nie, jak obecnie, papierowej. Zdaniem organizacji, takie zmiany nie tylko znacząco usprawnią system wykorzystywania funduszy strukturalnych, ale zmniejszą też zagrożenie niewłaściwego wykorzystania środków i bezpieczeństwo przekazywanych danych.