NIK zbadała proces prywatyzacji 12 Polmosów w latach 1998-2005, m.in. z Lublina, Siedlec, Żyrardowa czy Wrocławia. Niemal we wszystkich przypadkach kontrola NIK wykazała poważne nieprawidłowości. Najważniejsza z nich to zaniżenie wartości sprzedawanych inwestorom udziałów i akcji Polmosów, w wyniku czego Skarb Państwa poniósł ok. 45 mln zł strat. Najwięcej w przypadku sprzedaży Polmosu w Łańcucie (11,7 mln zł), Siedlcach (10,7 mln zł) oraz we Wrocławiu (8,9 mln zł). Przyczyną zaniżenia były głównie błędne wyceny przedsiębiorstw, dokonywane przez firmy doradcze. NIK zarzuca też Ministerstwu Skarbu Państwa, że nie dopilnowało wykonania przez nowych właścicieli Polmosów zobowiązań inwestycyjnych łącznie na ok. 5 mln zł oraz zobowiązań kapitałowych na 7 mln zł. Resortowi skarbu dostało się również za niezrealizowanie umowy prywatyzacyjnej Polmosu w Toruniu. MSP odstąpiło od naliczenia kary umownej z tego tytułu, co oznaczało stratę ponad 12 mln zł.
Bez winy nie są także inwestorzy, zarządy prywatyzowanych spółek i firmy, które doradzały MSP przy sprzedaży firm. Przykładem może być Polmos Siedlce. Inwestor nie wywiązał się z gwarancji nakładów na promocje i marketing marki Chopin w kwocie ponad 48 mln zł. Z kolei zarządowi Polmosu Lublin zarzuca się, że za kupno praw do znaku towarowego "Wódka Żołądkowa Gorzka" przepłacił ponad 9 mln zł. Nabycie znaku nie odbyło się bezpośrednio, ale przez pośrednika - firmę Żołądkowa. To spowodowało zawyżenie ceny znaku o ponad 8 mln zł a w dodatku Polmos Lublin musiał zapłacić za doradztwo przy całej transakcji (prawie 700 tys. zł). Ponadto NIK uważa, że Polmos Lublin bez uzasadnienia zapłacił swojemu inwestorowi - firmie Jabłonna SA, ponad 3 mln zł za konsultacje oraz udzielił jej poręczenia na 9 mln zł. Łączna kwota wszelkich nieprawidłowości przy prywatyzacji Polmosów to, zdaniem NIK, ponad 200 mln zł.
NIK wskazuje też, że prywatyzacjom kilku spółek (z Żyrardowa, Starogardu Gdańskiego, Siedlec, Warszawy) towarzyszyła korupcja. Np. w przypadku tego ostatniego Polmosu pełnomocnik do spraw prywatyzacji był jednocześnie akcjonariuszem inwestora.
W cukrze też nieprawidłowości
Najwyższa Izba Kontroli zbadała także proces restrukturyzacji oraz przekształceń własnościowych w przemyśle cukrowniczym. Tu również wykazano wiele nieprawidłowości. NIK zarzuca byłemu ministrowi skarbu w rządzie SLD - Wiesławowi Kaczmarkowi - łamanie ustawy antykorupcyjnej. W 2002 roku minister W. Kaczmarek powołał zarządy trzech spółek cukrowych: Krajowej Spółki Cukrowej, Poznańsko-Pomorskiej Spółki Cukrowej oraz Lubelsko-Małopolskiej Spółki Cukrowej. Zarządy wszystkich trzech spółek były w tym samym składzie, co, zdaniem NIK, jest z ustawą antykorupcyjną niezgodne.
