Jest mało prawdopodobne, aby wkrótce można było rejestrować firmy w jednym miejscu. Zmiany, zaproponowane w projekcie nowelizacji ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, spowodują, że takich "okienek" będzie co najmniej dwa.
Teraz osoby fizyczne rejestrują firmy w gminach, a spółki prawa handlowego (np. spółka z o. o., akcyjna) - w Krajowym Rejestrze Sądowym. Taki podział istnieje dlatego, że KRS nie byłby w stanie obsłużyć milionów mikroprzedsiębiorców. Urzędnicy, którzy opracowali propozycje zmian w przepisach, założyli skasowanie rejestru przedsiębiorców - osób fizycznych w gminach, ponieważ urzędy skarbowe i tak zbierają informacje na ich temat. To oznaczałoby likwidację dublujących się rejestrów. Tyle tylko, że dane o małych firmach są zbierane przez gminy w formie zbliżonej do tej, która stosuje się w KRS, za to urzędy skarbowe robią to w zupełnie inny sposób.
Generalnie więc, o ile łatwo byłoby rejestry gminne włączyć do KRS, to nie jest to możliwe w przypadku przejęcia ich przez skarbówkę.
Identycznie jest w przypadku samego KRS i danych skarbowych. Tych danych też nie da się połączyć w jednym rejestrze. To oznacza, że o ile w celu rozpoczęcia działalności gospodarczej wystarczy wizyta w urzędzie skarbowym, to do założenia spółki z ograniczoną odpowiedzialnością trzeba się będzie wybrać do KRS. W efekcie nie będzie jednego okienka, a co najmniej dwa.
Nawet jeśli rozwiązana zostanie kwestia dwóch systemów rejestracji i gromadzenia danych, pozostają jeszcze problemy techniczne. System informatyczny, który powinien zacząć działać w styczniu 2007 r., jeszcze nie istnieje. Na dodatek sam rząd nie jest do końca jednomyślny w sprawie rejestracji.