Karnowski nie był dotąd związany z koleją. W latach 1997–2000 był doradcą ministra finansów Leszka Balcerowicza. Później pracował z nim w Narodowym Banku Polskim. Stanowisko prezesa PKO TFI sprawuje od października 2008 roku. W trakcie jego kadencji, na początku 2010 r., PKO BP przejęło 25 proc. udziałów w PKO TFI od grupy Credit Suisse. Bank został jedynym właścicielem towarzystwa, a PKO TFI powołało własny zespół zarządzania funduszami.

Wraz z wejściem do zarządu Karnowskiego wymienionych ma zostać większość wiceprezesów PKP. Karnowski ma przyjść do spółki razem z kilkunastoosobową ekipą.

Maria Wasiak, obecna prezes PKP, stoi na czele grupy od lutego 2011 roku. Zastąpiła Andrzeja Wacha, który stanowisko stracił w wyniku chaosu, jaki zapanował na kolei w grudniu 2010 r. w związku z wprowadzeniem nowego rozkładu jazdy.