Dużym atutem ETF-ów są bardzo niskie koszty, znacznie niższe niż w tradycyjnych funduszach. W przypadku funduszy akcji roczny koszt sięga przeciętnie 0,5 proc. Wiele ETF-ów pobiera opłaty nawet mniejsze niż 0,1 proc. Na ścięcie kosztów pozwala głównie automatyczny proces zarządzania portfelem.

ETF-y mają trzy sposoby na odzwierciedlenie ruchów indeksów. Pierwszy polega na pełnej replikacji danego indeksu, czyli zbudowaniu portfela dokładnie oddającego skład indeksu. W drugim sposobie wybiera się reprezentatywną próbkę aktywów, natomiast metoda trzecia to tzw. syntetyczna replikacja. W portfelu takiego funduszu mogą znajdować się instrumenty, których nie znajdziemy w indeksie bazowym. Przykładem może być Lyxor WIG20.

Na bazie zakupionych do portfela inwestycyjnego instrumentów finansowych ETF dokonuje emisji jednostek ETF (tytułów uczestnictwa funduszu), które są, podobnie jak inne papiery wartościowe, notowane na giełdach. Płynność wspierana jest przez animatorów. PAAN